環工系學生通常在大學畢業時，利用甄試、考試、申請等方式，至國內或國外相關研究所繼續攻讀碩博士。

1. 本系碩士先修班：用5年完成東海大學環工系學士(4年)+碩士(1年)學位。
2. 國內研究所：報考國內各相關領域研究所：環境工程研究所、生物環境系統工程研究所、環境醫學研究所、土壤環境科學研究所、環境管理研究所、環境教育研究所等。
3. 國外雙聯學位：本系與澳洲雪梨科技大學(University of Technology Sydney)、美國聖荷西州立大學(San José State University)等學校簽有3.5年+2年學碩士雙聯學位，用五年半(3.5+2)完成東海環工系學士與國外碩士學位。